Colombo morreu em Valladolid em 1506. Seu irmão o levou para Sevilha, mas Colombo queria descansar no Novo Mundo. A Espanha enviou seus restos mortais para Santo Domingo em 1542.
Quando a Espanha perdeu Santo Domingo em 1795, seu corpo foi enviado para Havana. Um século depois, a Espanha também perdeu o controle de Cuba, e Colombo voltou a Sevilha em 1898, onde agora repousa em uma tumba ornamentada dentro da catedral.
Então veio a reviravolta. Em 1877, trabalhadores em Santo Domingo encontraram uma caixa de chumbo com o seguinte rótulo: "O ilustre e excelente homem, Don Colon". O Seville diz que o tem. Santo Domingo diz o mesmo. Os testes de DNA confirmam a afirmação de Seville, mas não totalmente.
Os ossos de Colombo, assim como sua história, permanecem dispersos.